ホント？ って意味なんですが・・・
これを連発するのはよくない、とネイティブに言われたことがあります。
「ほんとに？ほんとに？」って、相槌（あいづち）としては相手を馬鹿にしている感がありますよね。
is that so? （ああ、そうですか）がオールマイティで使えるフレーズだと思います。
あるいは相手が「彼がそうした、こうした」という話をしたなら、did he? とか Oh he did?
相手のことなら、do you? とか you are! なんてのが適当な表現です。
でもねぇ、最近の若者、「マジで？」とか「マジッすか？」と連発するのを何んとも思ってない様子なので、really? なんて、どーでもいいくらい他愛の無いものかなぁ、なんて思ってしまいます。
言葉は時代と状況を反映して変わりゆく「生き物」ですから・・・・。